По моему мнению, если что-то ломается из-за того, что плагин не установлен, то это само по себе является ошибкой. Ядро не должно зависеть от плагинов. Сами плагины должны четко указывать свои требования на своих соответствующих страницах.
Но да, это сделает версию для самостоятельного хостинга еще менее стабильной в будущем, так как именно пользователи самостоятельного хостинга будут сталкиваться с этими проблемами. С учетом этого и разветвленной темы, у меня нет впечатления, что стабильность для пользователей самостоятельного хостинга является высоким приоритетом для команды.