He estado ejecutando un servidor multisitio durante aproximadamente dos años y nunca he tenido un plugin que fallara solo por ser multisitio.
Algunas advertencias: lo ejecuto para temas de staging, no para producción. Por lo tanto, probablemente no me meto en los detalles de cada plugin. Tampoco he usado nunca el Data Explorer en instancias adicionales. Sin embargo, reconstruyo con frecuencia y tengo una lista bastante larga de plugins cambiantes.