Понятно. URL основного сайта тоже хранится в базе данных? Значит, это не вопрос конфигурации локального экземпляра? В таком случае очевидно, что оба экземпляра всё ещё будут пытаться обслуживать один и тот же контент.
Вы правы: настройка с двумя серверами вообще не помогает Discourse выбрать правильную тему.
Теперь я вспомнил, что возникнет проблема и с контентом. Если вы вставите ссылку в Discourse, он опубликует полный URL. Таким образом, кто-то, читающий тему, созданную на другом сайте, при клике на ссылку будет перенаправлен на него. То же самое касается загрузок, см. Uploads Path Should Update When URL Changes in app.yml During Container Rebuild.
Другой проблемой могут быть электронные письма. С какого домена будут отправляться уведомления? Ещё одна проблема — социальные плагины (Facebook и др.) или вход через Google будут перенаправлять на неправильный сайт (или, возможно, откажут в авторизации).