¡Bienvenido Daniel! 
No conozco Pendo, pero si solo es un fragmento de JavaScript que necesita ser agregado, deberías poder agregarlo desde el panel de administración de tu Discourse:
Personalizar → Temas (o Componentes, que podría ser más práctico para crear uno nuevo si tu foro tiene varios temas) → Editar CSS/HTML → pestaña Head.
Avísame si Pendo necesita más que esto 