Могу ли я использовать DiscourseConnect вместе с нативной регистрацией Discourse?

Нет, это невозможно. DiscourseConnect делает внешний источник идентификации авторитетным для вашего экземпляра.

Из первой строки темы DiscourseConnect:

(выделение моё).

Если вы хотите использовать локальные входы, то вы делаете свой экземпляр авторитетным, и вам нужно будет решить, какая система должна представлять единственную версию правды в отношении идентификации.