¿Pueden los plugins lograr visibilidad selectiva de respuestas dentro de los temas y cómo puedo crear uno?

Esto es exactamente para lo que se creó el plugin. Solo necesitas hacer el #2 y el #3 con mensajes privados o chat.

Los creadores ya pueden elegir entre respuestas visibles o no visibles, y el plugin también se puede configurar para que las respuestas sean visibles para las personas del mismo grupo principal que el creador.
Al usar diferentes categorías con diferentes derechos de acceso, puedes controlar aún más quién puede ver todo el tema y quién no.

Nuevamente, no es necesario crear funcionalidad adicional, compleja y frágil, cuando esto ya se puede lograr cambiando ligeramente la forma en que quieres trabajar.

En resumen, no me has convencido de que estos cambios sean necesarios. Solo añadirán complejidad, tanto para los usuarios como para el mantenimiento del plugin.