Plugins podem alcançar visibilidade de resposta seletiva dentro de tópicos e como posso criar um?

É exatamente para isso que o plugin foi feito. Você só precisa fazer #2 e #3 com mensagens privadas ou chat.

Os criadores já podem escolher entre respostas visíveis ou não visíveis, e o plugin também pode ser configurado para ter respostas visíveis para pessoas no mesmo grupo primário do criador.
Usando categorias diferentes com direitos de acesso diferentes, você pode controlar ainda mais quem pode ver o tópico inteiro e quem não pode.

Novamente, não há necessidade de construir funcionalidades extras, complexas e frágeis, quando isso já pode ser alcançado mudando ligeiramente a forma como você quer trabalhar.

Resumindo, você não me convenceu de que essas mudanças são necessárias. Elas apenas adicionarão complexidade, tanto para os usuários quanto para a manutenção do plugin.