¡Lamento que esta haya sido una experiencia difícil para ti! 
No es de mucha consolación en tu caso, pero es cierto. Es raro que una actualización requiera intervención en la línea de comandos.
¡Espero que hayas podido resolver este problema! Necesitas tener copias de seguridad si te autoalojas, porque nunca sabes lo que puede pasar.