Процесс останавливается полностью. Вы бы не пропустили это. Я полагаю, что вы хитро решили проблему с /etc/hosts, что удовлетворило скрипт, но не Let’s Encrypt, когда он попытался получить сертификат. discourse-setup — это shell-скрипт, предназначенный для самых неопытных пользователей, поэтому его проверки довольно наивны.
Может быть, посмотрите стандартную тему установки?
EDIT: Ну, там не так много информации.
Какие советы по устранению неполадок вы хотите добавить? Мне кажется, там есть некоторые подсказки. Предположение, что кто-то создаст запись в /etc/hosts и обойдет проверку DNS, — это то, о чем я никогда не слышал от кого-либо. 