Sí, están en app.yml y he reconstruido la aplicación.
He confirmado que los archivos recién subidos van allí.
No exactamente. Estoy usando las siguientes variables de entorno:
AWS_REQUEST_CHECKSUM_CALCULATION: WHEN_REQUIRED
AWS_RESPONSE_CHECKSUM_VALIDATION: WHEN_REQUIRED
Esas solucionaron el no poder subir nuevos archivos después del cambio de configuración.