No se puede restaurar una instancia de snapshot

No exactamente. Puedes configurar Configure Application-Consistent Backup for Azure Linux VMs by Using Azure Backup - Azure Backup | Microsoft Learn usando un script previo y posterior que ponga Discourse en modo de solo lectura justo antes de la copia de seguridad de la máquina virtual:

docker exec -i app discourse enable_readonly
docker exec -i app discourse disable_readonly

lo que garantiza la consistencia de la base de datos al restaurar (comprobado que funciona tanto con la copia de seguridad como con la restauración de la máquina virtual completa).