También me gustaría señalar que en realidad no es un caso de uso tan específico.
Al igual que @mattdm ya señaló, el color no solo se usa en las insignias o los íconos. Se puede usar en banners y prácticamente en cualquier elemento de la página cuando se combina con el componente Categorías Coloridas. Otra ventaja de usar colores directamente desde la configuración de la categoría es que permite a los administradores de la comunidad cambiar los colores utilizados en un tema ellos mismos, en lugar de tener que contactar al diseñador del tema solo para eso.
En este momento, cuando no desea usar las insignias principales con colores, pero aún así usa colores de categoría en otros elementos del tema, la única forma de cambiar el color de la categoría es habilitar un estilo de insignia diferente, cambiar el color y luego volver a habilitar ninguno como estilo de insignia.
Vi que @codinghorror mencionó esta preocupación en otro tema al respecto:
Pero como se dijo, puede tener muchos efectos en un tema. Además, ya hay una pista que indica:

Entonces, ¿por qué no mantener la configuración disponible y, en cambio, dar una pista como:
Es posible que no veas los colores porque tienes un estilo de categoría de ninguno.