Eso parece ser el comportamiento esperado. El campo de color acepta cualquier valor que puedas usar como background-color en CSS. Por lo tanto, si proporcionas un valor hexadecimal, el color se mantendrá igual en diferentes modos y temas.
Si realmente no deseas un color de fondo, debes especificar none o transparent.
Si prefieres un color de fondo que cambie según el modo, deberías especificarlo usando una propiedad personalizada de CSS: podrías utilizar una de las predefinidas por Discourse, como var(--secondary-high). También puedes definir las tuyas propias, tal como se explica en Update themes and plugins to support automatic dark mode