Сначала: это неподдерживаемая установка. В большинстве случаев, если вы не используете стандартную установку Docker, вы остаетесь один на один с проблемой.
Но тем не менее, вот что, по моему мнению, вам нужно знать:
Вам нужно передать все эти переменные окружения (ENV) в ваши контейнеры ECS. Вы можете использовать ./launcher start-cmd, чтобы вывести эту информацию. Файл app.yml используется только для сборки образа. Эти переменные не встраиваются в контейнер. Я почти уверен, что если вы каким-либо образом передадите эти переменные окружения в ваш контейнер, всё заработает так, как вы хотите.
Я никогда не делал установку ECS, но похоже, что скоро мне придётся этим заняться. Буду рад узнать, получится ли у вас.
Вы также задавали тот же вопрос здесь: Aws deployed discourse is fetching assets from database url - #18 by trying2survive и получили тот же ответ. 