O tal vez te deba una disculpa. Parece que logré que funcionara, aunque no tengo tiempo para prometer que pueda escribir instrucciones que te permitan hacerlo funcionar.
DISCOURSE_USE_S3: true
DISCOURSE_S3_REGION: 'auto'
DISCOURSE_S3_ENDPOINT: https://=ACCOUNT_ID=.r2.cloudflarestorage.com
DISCOURSE_S3_ACCESS_KEY_ID: '=ACCESS_KEY_ID='
DISCOURSE_S3_SECRET_ACCESS_KEY: '=SECRET_ACCESS_KEY'
DISCOURSE_S3_CDN_URL: '=S3_CDN_URL='
DISCOURSE_CDN_URL: '=CDN_URL='
DISCOURSE_S3_BUCKET: '=BUCKET='
DISCOURSE_S3_BACKUP_BUCKET: '=BUCKET=/backups'
DISCOURSE_BACKUP_LOCATION: 's3'
No olvides la estrofa que realiza la tarea de rake para enviar las cargas a S3.
Intenta esto y mira si te funciona. Una prueba rápida muestra que funciona para cargas, activos y copias de seguridad. Así que, supongo que el problema con los archivos gzip ya no se aplica.