Dependiendo de lo que necesites modificar, creo que la mejor solución sería usar un PluginOutlet para inyectar tu código personalizado, o un PluginOutlet Wrapper para reemplazar/mostrar condicionalmente la implementación principal. (Puedes enviar una PR para añadir un outlet si no está disponible).
Si realmente quieres usar modifyClass, todavía debería ser posible, es solo que el modal es ahora un componente y está anidado en components/modal, por lo que accederías a él así:
api.modifyClass("component:modal/poll-ui-builder", {
pluginId: "tu-plugin-personalizado-id",
// inserta código personalizado
});