Основные плагины, где использовался форк объединённого плагина

Лучшее решение — написать плагин, который переопределяет существующий.

Другой вариант: перед клонированием вашей ветки удалите слитый плагин командой “rm -rf”.

Поэтому сделайте это прямо в своём новом плагине, вместо того чтобы форкать основной. Должен быть хук для реализации такой функции.