No “desaparece”, sigue ahí. Lo que sucede es que extraemos todos los scripts en línea y los colocamos en un solo archivo para tu tema.
discourse/app/models/theme_field.rb at main · discourse/discourse · GitHub
Así que, si buscas en el código fuente de la página theme-javascript, deberías ver algo como esto
Este archivo contendrá todos tus scripts en línea.
Además, Discourse tiene soporte nativo para Google Analytics, así que ¿por qué no usarlo?
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