Оно не «исчезает», оно всё ещё там. Происходит следующее: мы извлекаем все встроенные скрипты и помещаем их в один файл для вашей темы.
discourse/app/models/theme_field.rb at main · discourse/discourse · GitHub
Таким образом, если вы поищите в исходном коде страницы theme-javascript, то увидите что-то вроде этого:
Этот файл будет содержать все ваши встроенные скрипты.
Кроме того, в Discourse есть встроенная поддержка Google Analytics, так почему бы не воспользоваться этим?
Ищите в настройках Analytics.