Versión con tema oscuro que hereda el tema claro + anula partes?

Soporte del producto
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Esto debería ser common/color_definitions.scss.

Y en common.css, los valores de respaldo son iguales al valor inicial, por lo que podrías simplemente usar:

.nav-pills>li>a:hover {
  background-color: var(--custom-nav-pills-bg);

  &:not(.active) {
    color: var(--custom-nav-pills);
  }
}