Похоже, что это не ошибка. Всё зависит от того, как именно вы удалили пользователя через консоль.
В консоли попробуйте выполнить поиск:
UserEmail.where(email: '<email_удалённого_пользователя>')
Если результат будет найден, попробуйте найти пользователя по user_id, который был возвращён:
User.find_by(id: <id_записи_электронной_почты>)
Я предполагаю, что пользователь не будет найден, так как адрес электронной почты принадлежал удалённому пользователю. Если это так, то можно безопасно вызвать destroy! для записи адреса электронной почты. Перед этим обязательно убедитесь, что у вас есть актуальная резервная копия вашего сайта.
Если адрес электронной почты действительно принадлежит существующему пользователю, не удаляйте запись адреса электронной почты.