No soy un experto en canonización, así que no debería decir algo incorrecto aquí. Pero estoy bastante seguro de que no está relacionado. El marcado no se utiliza en absoluto en la canonización, hasta donde yo sé. Y aunque supongo que podría ser posible confundir sistemas al tener una URL no canónica con algún marcado que dijera mainEntityOfPage: (para que pareciera que el marcado afirmaba que era la publicación principal de otra página), aún no he visto que eso suceda.
Ya que estamos en el tema, Discourse actualmente afirma que cada comentario/publicación no principal es la mainEntityOfPage: . Creo que eso seguirá siendo cierto después del cambio de corrección. Esto también confunde la detección (y significa que tenemos que eliminar esa afirmación por completo). Creo que con la corrección nos dará suficiente señal para prevenir problemas ahora, pero probablemente sea mejor usar eso solo en la primera publicación.