私は正規化の専門家ではないので、間違ったことを言うべきではありません。しかし、それは関係ないと思います。私の知る限り、正規化ではマークアップはまったく使用されていません。そして、正規化されていないURLに、メイン投稿が別のページからのものであるかのように見せるマークアップ（mainEntityOfPage: ）があることでシステムを混乱させる可能性があるとは推測できますが、まだそのようなことは起こっていません。
ちなみに、Discourseは現在、すべてのコメント/最初の投稿以外の投稿がmainEntityOfPage: であると主張しています。修正後もそれが真実になると信じています。これも検出を混乱させる原因となり、その主張を完全に削除する必要があります。修正により、現時点での問題を回避するのに十分なシグナルが得られると思いますが、最初の投稿にのみそれを使用するのがおそらく最善でしょう。