Evidentemente, minhas habilidades de busca falharam. Já existia um tópico perguntando sobre o RefTagger, com uma resposta lá que funciona.
Eu estava mesmo correto ao pensar que decorateCooked() seria usado. Todo o crédito vai para @david, que postou a solução no tópico vinculado acima! (Também crédito para @thwright por encontrar essa solução mais antiga e me avisar sobre ela).
Aqui está o código que estou colocando em <head> via personalização do tema, com algumas configurações específicas do RefTagger:
<script type="text/discourse-plugin" version="0.2">
window.refTagger = {
settings: {
bibleVersion: "NKJV",
convertHyperlinks: false,
roundCorners: true,
socialSharing: [],
tagChapters: true
}
};
let loadScript = require('discourse/lib/load-script').default;
api.decorateCooked($elem => {
loadScript("//api.reftagger.com/v2/RefTagger.js").then(() => {
window.refTagger.tag($elem[0]);
})
});
</script>