Я обычно избегаю этого как чумы, особенно с облачными ВМ, где у меня есть только SSH-подключение… Если что-то пойдет не так, придется восстанавливать из резервной копии.
РЕДАКТИРОВАНИЕ: Я обновился до Ubuntu 18 (с 17), и теперь всё собирается корректно. Значит, это определённо связано со старыми версиями ОС…