Да, формат файла блокировки изменился в версии 10.0, и Dependabot от GitHub пока его не поддерживает, поэтому мы зафиксировали ядро и все темы/плагины на версии 9.x.
Теоретически оно должно автоматически переключиться обратно на 9.x… но, похоже, это работает не у всех 
Если вы выполните pnpm self-update 9, это поможет восстановить работоспособность?