¿Los temas aparecen cuando deshabilitas la configuración Mostrar etiquetas por grupo?
Creo que esa configuración limita los documentos a mostrar solo los temas que están etiquetados con al menos una etiqueta de un grupo de etiquetas que seleccionaste en Grupos de etiquetas de documentos. Por lo tanto, los temas sin etiquetas ya no aparecerán.