Что я бы сделал, так это создал бы новый дроплет и последовал инструкции Перенос сайта Discourse на другой VPS с помощью rsync.
Но, думаю, у вас больше нет каталога /var/discourse, если только вы не сделали другую резервную копию до восстановления той, которую нашли?
Так что создайте новый дроплет, скопируйте файл app.yml и восстановите вчерашнюю резервную копию из S3. Это то, что нужно сделать.
Также, какая у вас версия Docker? У меня была неудачная пересборка с ошибкой, похожей на эту (я найду соответствующую тему, когда доберусь до ноутбука).