No estamos manejando el valor de sesión saml_uid en nuestro plugin. Este es gestionado por el propio gem omniauth-saml. Por lo tanto, no estoy seguro de por qué tienes un valor vacío en session["saml_uid"]. Es posible que debas reportar el problema en el gem de omniauth.
Además, ninguno de los clientes ha reportado ningún problema con SLO hasta ahora.