Ich würde mit einer Messung beginnen:
du -kx / | sort -n | tail -499
Wahrscheinlich auch lohnenswert:
df
und vielleicht:
find / -xdev -ls|sort -n -k 2|tail -199
was ein paar Minuten dauern könnte.
Sie sehen möglicherweise eine oder mehrere Swap-Dateien, daher lohnt es sich zu prüfen, ob diese verwendet werden:
swapon