Empezaría con una medición:
du -kx / | sort -n | tail -499
Probablemente también valdría la pena
df
y quizás
find / -xdev -ls|sort -n -k 2|tail -199
lo cual podría tardar unos minutos
Podrías ver uno o más archivos de intercambio, así que vale la pena comprobar si están en uso:
swapon