Inizierei con una misurazione:
du -kx / | sort -n | tail -499
Probabilmente vale anche la pena
df
e forse
find / -xdev -ls|sort -n -k 2|tail -199
che potrebbe richiedere qualche minuto.
Potresti vedere uno o più file di swap, quindi vale la pena verificare se sono in uso:
swapon