Это расстраивает. Извините. Инструкции выглядят правильными, но это тот случай, когда одна маленькая ошибка может всё сломать.
Вы видите файлы, если зайдёте в контейнер и посмотрите в /shared/?
Вы можете обойти лимит Let’s Encrypt, следуя инструкции Настройка Let’s Encrypt для нескольких доменов.