La instalación estándar no utiliza nginx instalado en el sistema y, si tienes nginx instalado en el host, Discourse no tendrá acceso a los puertos 80 y 443. Al instalar nginx en el sistema, has impedido que Discourse funcione en su configuración estándar.
Esto no tiene nada que ver con Amazon. Se trata simplemente de administración de sistemas Linux.
(Puede ser apropiado tener nginx instalado en el sistema para Setting up offline page, pero eso requiere entender cómo funcionan los puertos en Linux. 
Así que no empieces por ahí si la situación actual no tiene sentido para ti!)