Стандартная установка не использует nginx, установленный на системе, и если на хосте установлен nginx, Discourse не получит доступ к портам 80 и 443. Установив nginx на систему, вы предотвратили работу Discourse в его стандартной конфигурации.
Это не имеет никакого отношения к Amazon. Это просто системное администрирование Linux.
(Может быть уместно установить nginx на систему для Setting up offline page, но это требует понимания того, как работают порты в Linux. 
Поэтому не начинайте с этого, если текущая ситуация для вас непонятна!)