Si le lien canonique est dans le HTML, cela fonctionne. Vous avez déjà vérifié que cela fonctionne comme il se doit 
Je ne veux pas être difficile. J’apprécie que le référencement soit une question sensible et importante pour de nombreux sites.
Cependant, un outil de référencement ne fera que la même vérification que vous avez déjà effectuée. Il ne vous dira rien de plus que ce que vous savez déjà.