Gosto do recurso em geral (primeira etapa de cadastro com apenas e-mail e código), mas ele tem algumas arestas:
a) o login e o cadastro devem ter configurações separadas;
b) ocultar o campo de nome de usuário no formulário de cadastro deve ser uma opção extra, já que os nomes de usuário ainda são um recurso importante de comunicação — nomes aleatórios ou sequenciais parecem bastante estranhos;
c) estranhamente, os nomes de usuário aleatórios funcionaram no meu site para alguns cadastros de spam (entradas de usuários não verificados), mas não para dois usuários reais; ambos receberam “user1” e “user2” como nomes, ugh. (Não tenho certeza qual é a diferença entre os spammers e os usuários);
d) para o login, pode ser um botão extra, talvez um que envie um e-mail com um link mágico e um código. Não vejo a necessidade de separar isso;
e) a documentação deve deixar claro que ela remove o formulário de nome de usuário (ou melhor, não o remover).