Ah, ya veo. Disculpa mi confusión. 
Creo que muchos de los atajos funcionan como esperarías (como seleccionar todo, negrita, copiar y pegar, etc.), aunque el de hipervínculo abre el modal. No creo que haya una forma en la configuración de deshabilitarlo, aunque lo comprobaré para asegurarme.
Hay una inserción rápida de ‘enlace’ que puede ser de alguna utilidad. Si copias un enlace de algún sitio y luego resaltas el texto en tu editor que te gustaría convertir en hipervínculo, puedes pegar tu enlace y se formateará automáticamente como un hipervínculo de markdown con el texto resaltado como texto de visualización.
También existe el enfoque de ‘onebox’ en línea, que puede ser bastante útil, donde simplemente pegar el enlace en el editor en medio de una oración agregará un título donde pueda. por ejemplo Plugin directory | Discourse - Civilized Discussion .
Resulta que no tenía ni idea de este tema… 