railsコンソールを使用して無効にできると思います。
Using Hidden Site Settings で提供されている手順に従い、以下を使用できます。
SiteSetting.pop3_polling_enabled = "f"
しかし、インターフェースでこれが機能しないのはバグだと思います。
理論的には、バリデーターは設定を無効にする必要があるかどうかを確認し、それ以上の設定チェックを行いません。明らかに、このケースでは機能していません。しかし、railsの回避策では機能します 
問題は、フロントエンドが"f"ではなく"false"を渡していることだと思います。そのため、検証を通過するためのチェックが機能しません。以下のように変更した後、
return true if val == "f"
を
return true if val == "f" || val == "false"
に変更したところ、インターフェースでpop3_polling_enabledを無効にすることができました。