Я думаю, вы можете отключить это через консоль Rails:
Вы можете следовать инструкциям по ссылке Using Hidden Site Settings и использовать
SiteSetting.pop3_polling_enabled = "f"
Однако я считаю, что это баг, что в интерфейсе это не работает.
Теоретически валидатор проверяет, должно ли настройка быть отключена, и в таком случае не выполняет дальнейшую проверку конфигурации. Очевидно, в данном случае это не работает. Зато работает обходной путь через Rails 
Я думаю, проблема в том, что фронтенд передаёт не "f", а "false". Именно поэтому проверка на прохождение валидации не срабатывает. После изменения
return true if val == "f"
на
return true if val == "f" || val == "false"
мне удалось отключить pop3_polling_enabled через интерфейс
Редактирование: На самом деле уже есть отчёт об ошибке от февраля