Creo que no es un problema de Thunderbird, sino de cualquier cliente de correo que admita el encadenamiento. Pero no sé si la diferencia entre la información dentro de in-reply-to y references aquí puede depender de diferentes interpretaciones.
Lo que realmente veo es que ahora has corregido References, según rfc5322:
In-Reply-To: cita el message-id del mensaje al que respondes.
References: añade el message id del mensaje respondido a las referencias anteriores.
Primer post
Message-ID: <msg-id1>
…y sin References
1ª respuesta
`
Message-ID: <msg-id2>
In-Reply-To: <msg-id1>
References: <msg-id1>
`
2ª respuesta:
…
Message-ID: <msg-id3>
In-Reply-To: <msg-id2>
References: <msg-id1> <msg-id2>
…
Sin embargo, has roto los message IDs como se indica en
Por cierto: ¿hay otro error que al marcar varias líneas como texto preformateado no incluya el marcado cmd-e una vez, sino muchas veces, una por cada línea?