アップロード用のS3互換オブジェクトストレージプロバイダーの設定 を設定し、ローカルアップロードをS3に移動した場合、アップロードはそこにあります。S3はバックアップされていると想定されており、ダウンロードは高価で通常は不要であるため、バックアップされていません。
S3からファイルを削除する必要がある場合（たとえば、discourse.orgでホストされていて、他のホスティングに移行する場合）は、S3に保存されているファイルを含むバックアップが必要です。
S3からファイルをダウンロードする必要があるのはなぜですか？
はい、S3からファイルをダウンロードできていないようです。おそらく、一つもダウンロードできていないと思いますが、ディスク容量がいっぱいである可能性もあります（ディスクがいっぱいというエラーが出ると思いますが、そうでない可能性もありますか？）。