Разве это не ошибочная диагностика? Вы проверяете переменные окружения только что созданного процесса Ruby, а не того, который фактически запускает веб-сервер.
Если вы проверите /proc/<pid>/environ процесса Pitchfork, то увидите там переменную окружения YJIT.
root@raspberrypi5:/var/discourse# cat /proc/3331660/environ | tr '\0' '\n' | grep -i yjit
RUBY_YJIT_ENABLE=1