Lo siento, ya lo he resuelto.
sudo -u discourse limpia el entorno. Usar la bandera -E incluye el entorno normal, y en ese caso sudo -E -u discourse RAILS_ENV=production bundle exec rails runner 'puts "YJIT enabled: #{RubyVM::YJIT.enabled?}"; puts RUBY_DESCRIPTION' devuelve
YJIT enabled: true
ruby 3.4.7 (2025-10-08 revision 7a5688e2a2) +YJIT +PRISM [x86_64-linux]
Con solo la plantilla agregada.
Me disculpo por hacerte perder el tiempo y he marcado tu respuesta como la solución. Lo siento por esto. Gracias por investigar y tomarte el tiempo de responder.