Извините, я разобрался.
sudo -u discourse очищает окружение. Использование флага -E сохраняет обычное окружение, и в этом случае sudo -E -u discourse RAILS_ENV=production bundle exec rails runner 'puts "YJIT enabled: #{RubyVM::YJIT.enabled?}"; puts RUBY_DESCRIPTION' возвращает
YJIT enabled: true
ruby 3.4.7 (2025-10-08 revision 7a5688e2a2) +YJIT +PRISM [x86_64-linux]
При добавлении только шаблона.
Приношу извинения за потраченное впустую время и отметил ваш ответ как решение. Извините за это. Спасибо за расследование и время, уделенное ответу.