Creo que el problema no es la obtención de los paquetes individuales, sino el tiempo total que se tarda en instalarlos todos. Si no tienes suficiente memoria, puedes tener el problema incluso si tu velocidad de red es buena. La instancia E2.Micro con la que tuve el problema tiene solo 1 GB de memoria.
Por si sirve de algo, acabo de actualizar Discourse en un Droplet de 4 GB y no he visto ningún problema en particular.