Bueno, eso es algo. 
Siempre y cuando te sientas cómodo con esa red de seguridad, y seas consciente y estés dispuesto a asumir los riesgos al experimentar. Yo mismo lo administro, y puede ser bastante estresante salirse de lo “estándar” sin alguna guía cuando tienes contenido que te importa.
¿Podrías darnos más detalles sobre tu configuración y cómo has estado manteniendo tu servidor hasta ahora? Quizás eso podría arrojar algo de luz sobre cómo sucedió esto, y sonar familiar para alguien más en la comunidad que haya experimentado un problema similar. ¿Qué servidor y especificaciones tienes? Mencionaste que seguiste la guía de instalación estándar, pero no fuiste claro en algunos de los comandos de rutina, ¿podrías haberte saltado una actualización importante de tu servidor, etc.?