Ошибка при выполнении "bundle exec rake s3:upload_assets" — не удалось найти Gemfile или директорию .bundle/

Переменные окружения всё же необходимы, поэтому в документации по настройке совместимого с S3 провайдера объектного хранилища для загрузок указано именно так, и именно об этом сообщает сообщение об ошибке.

Все переменные S3 следует перенести в скрытые настройки, так как их конфигурация через параметры сайта обычно не приносит пользы.

Извините, я забыл, что вы не используете Docker. Но да, вам всё равно нужно установить их в переменных окружения ENV. Я делаю это в своей среде разработки для восстановления баз данных из S3.

Если вы настраиваете это не для среды разработки, то, скорее всего, совершаете серьёзную ошибку.