Wist ik ergens niet van. Heeft mijn probleem onmiddellijk opgelost, heel erg bedankt!
Trouwens, de werkende query is:
SELECT users.id AS user_id, user_emails.email
FROM users
LEFT JOIN user_emails ON users.id = user_emails.user_id AND user_emails.primary
WHERE users.id IN (/* lijst met gebruikers-ID's hier, bijv. 1,2,3 */)