Por exemplo, tenho um link do Patreon no cabeçalho do meu Discourse, mas ele abre na mesma aba. Tentei procurar nas configurações por algo relevante, e há uma opção nas preferências do usuário, mas mesmo com ela marcada, os links externos ainda não abrem em uma nova aba.
Você já tentou adicionar target="_blank" ao seu link?
Estou usando o plug-in de links do cabeçalho, e aqui está a entrada que tenho para o Patreon. Como você pode ver, eu tenho blank inserido lá, então ele deveria abrir em uma nova aba. No entanto, não está.
Tente desativar plugins e componentes do tema — suspeito que possa haver um conflito entre o componente Custom Header Links e algo mais.